Qu’est-ce que la charge virale peut vraiment nous dire sur l’infectiosité ?

D’autant plus que le virus évolue, il n’y a pas de moyen facile de dire à quel point une personne est contagieuse.

 

Pendant un bref moment de bonheur cet été, il semblait que les vaccins COVID avaient atteint le Saint Graal de l’immunologie : stériliser l’immunité. Non seulement ils empêchaient les gens de mourir du virus, mais ils transformaient le corps en une forteresse qui pourrait lui claquer la porte au nez. “Nos données du CDC suggèrent que les personnes vaccinées ne sont pas porteuses du virus”, a déclaré la directrice du CDC, Rochelle Walesnky, à Rachel Maddow en mars . Puis le vent a tourné et la question est devenue : les malades vaccinés sont-ils aussi contagieux que les non vaccinés ?

Si vous êtes toujours confus, vous n’êtes pas seul. Le problème, selon les chercheurs de COVID, réside dans les attentes très élevées lors de la première série de vaccinations et dans notre tendance continue à sous-estimer à quel point le COVID peut être infectieux.

En février, le CDC a déclaré que les personnes qui avaient été complètement vaccinées n’auraient plus besoin de se mettre en quarantaine après une exposition. Il a suivi cette annonce quelques mois plus tard avec la nouvelle que les personnes entièrement vaccinées n’auraient pas non plus besoin de porter de masques presque n’importe où. Ce faisant, il a fixé des attentes presque aussi élevées qu’elles pourraient l’être, suggérant que les vaccins protégeraient les gens non seulement de l’hospitalisation, mais aussi du virus en premier lieu.
Tous les vaccins n’atteignent pas ce seuil d’immunité stérilisante . Les vaccins contre la variole et la rougeole le font, mais pas les vaccins contre le rotavirus et la grippe. Et bien que deux doses de vaccins à ARNm protègent toujours l’écrasante majorité des personnes contre les conséquences les plus graves du COVID, il est devenu clair, en particulier à mesure que le delta se propage, que les vaccins n’empêchent pas toujours les infections de créer une tête de pont dans les voies respiratoires supérieures.

Les premières indications officielles de cette réalité sont venues d’une épidémie de 133 personnes à Provincetown, dans le Massachusetts, lors d’un festival début juillet. De nombreux participants étaient entièrement vaccinés et le CDC a commencé à enquêter sur la façon dont ces cas révolutionnaires ont propagé la maladie.

Au cours de la dernière semaine de juillet, les enquêteurs ont annoncé que les cas vaccinés et non vaccinés, du moins chez les sujets de Provincetown, présentaient des «valeurs de seuil de cycle» statistiquement indiscernables.

Les valeurs de seuil de cycle, ou les valeurs Ct, lorsqu’elles sont correctement configurées, peuvent servir d’estimation approximative de la quantité de matériel viral dans un échantillon. Ils sont une mesure de la force d’un test PCR : la PCR fonctionne en baignant à plusieurs reprises un échantillon dans de l’eau chaude et froide, en essayant de faire des copies de tout matériel viral dans l’échantillon. Un échantillon qui n’accumule jamais de copies est négatif, tandis qu’un échantillon qui contient beaucoup de matériel viral nécessite moins de cycles : une valeur Ct faible. L’étude de Provincetown a donc suggéré que les cas révolutionnaires – lorsqu’ils se sont produits – avaient la même quantité de matériel viral dans leur corps que les cas non vaccinés.

Ce fut une surprise : une personne vaccinée a accumulé des anticorps, des lymphocytes T et d’autres mécanismes moléculaires qui devraient ralentir le virus même s’il se glisse par la porte d’entrée. Et dans une certaine mesure, d’autres études montraient cette dynamique en action : une étude du 31 juillet à Singapour a révélé que les personnes vaccinées éliminaient les infections de leur corps beaucoup plus rapidement que les non vaccinés et, dans de nombreux cas, avaient réduit leur charge virale dans les jours suivant l’infection.

La découverte de Provincetown, qui a été publiée après avoir été signalée pour la première fois par le Washington Post , a conduit le CDC à revenir sur sa recommandation de masque. Le CDC a été relativement prudent dans la façon dont il a interprété l’étude. “Des charges virales élevées suggèrent un risque accru de transmission et ont fait craindre que, contrairement à d’autres variantes, les personnes vaccinées infectées par Delta puissent transmettre le virus”, a déclaré Walensky, directeur du CDC, le 30 juillet.

Les médias nationaux étaient moins prudents. CNN et le New York Times ont tous deux suggéré que non seulement pourrait vacciner les transmettre Covid-19, mais qu’ils « ont une tendance similaire à se propager comme des gens non vaccinés ».

Une partie du problème est que le delta semble être plus apte à provoquer des infections à percée, car il semble se répliquer si rapidement dans le corps. Mais cela a également à voir avec des attentes trop optimistes quant à la façon dont le vaccin pourrait fonctionner, explique Susan Butler-Wu, pathologiste clinique à l’École de médecine de l’Université de Californie du Sud.

«Je pense qu’une partie du problème était l’édit du CDC qui a été publié en mai et qui disait:« Si vous êtes vacciné, enlevez votre masque! Je n’ai jamais suivi ça », dit Butler-Wu. “Quand les gens se déroulaient en juin comme si la pandémie était terminée, je regardais mes valeurs de Ct se dire” les gars, ce n’est pas fini “.”

Pourtant, l’idée que les vaccinés sont aussi susceptibles de propager le virus que les non vaccinés est une surcorrection.

“Malgré les inquiétudes concernant le déclin de l’immunité “, a écrit le médecin urgentiste Craig Spencer dans The Atlantic début octobre, “les vaccins offrent la meilleure protection contre les infections. Et si quelqu’un n’est pas infecté, il ne peut pas propager le coronavirus. »

À l’heure actuelle, les données sur l’efficacité des vaccins contre les infections à COVID asymptomatiques sont difficiles à trouver. C’est en grande partie parce que le CDC a cessé de suivre les cas de percée légère – la plupart des données à grande échelle sur la fréquence de ces cas proviennent de l’étranger – ce qui a rendu difficile l’évaluation du besoin de rappels. Les estimations varient d’environ 50 à 90 pour cent d’efficacité pour empêcher une infection de pénétrer dans le corps en premier lieu.

Mais les données sur ce qui se passe après qu’une personne vaccinée est infectée ne sont pas si précises .

Après Provincetown, dit Butler-Wu, « En gros, il y a eu une panique : Oh mon dieu, regardez, les gens qui sont vaccinés ont la même valeur Ct. À première vue, c’est une source de préoccupation, il est certainement raisonnable de revenir sur nos recommandations. »

D’autres études ont commencé à confirmer ce résultat, concluant que les personnes vaccinées peuvent avoir des valeurs de Ct comparables à celles des personnes non vaccinées.

Le problème est que la valeur Ct ne se traduit pas directement en infectiosité. Pour commencer, ce n’est pas une mesure de la quantité de virus vivant dans l’échantillon, mais du matériel génétique. Cela signifie qu’un signal fort pourrait en fait simplement ramasser les débris laissés après que votre système immunitaire a déchiqueté l’envahisseur.

« C’est influencé par beaucoup de choses : quelle était la qualité de l’échantillon qui a été collecté ? » dit Butler-Wu. En d’autres termes, quelqu’un qui ne colle pas la pointe de la queue assez loin dans son nez pourrait ne pas donner un signal fort, même s’il est contagieux. Et les tests PCR effectués avec différents matériaux ne donnent pas de résultats Ct comparables. Ainsi, trouver des valeurs de Ct similaires dans les cas de percée est un indicateur que ces cas pourraient être infectieux, mais n’est pas une bonne mesure de la contagion.

Un pas de plus vers l’établissement de l’infectiosité est la quantité de virus vivants présents dans un échantillon, qu’un laboratoire peut mesurer en faisant croître les particules dans une boîte de Pétri. Mais “il n’existe pas de test d’infectiosité pour COVID”, souligne Butler-Wu. Dans certains cas, des virus vivants peuvent être élevés en laboratoire, mais une personne ne sera pas contagieuse. Dans d’autres cas, une personne peut être infectieuse, mais une culture cellulaire ne le montrera pas.

Pourtant, une étude publiée à la fin du mois dernier en tant que prépublication a révélé que les cas révolutionnaires ont fini par excréter beaucoup moins de virus vivants dans leur salive et leur nez, suggérant qu’ils ne seraient pas aussi infectieux.

Déterminer qui est réellement infectieux dans le monde réel est entravé par notre infrastructure de santé publique fragmentée. Sans une recherche généralisée des contacts, il est presque impossible de savoir qui propage le virus.

L’une des rares enquêtes sur la propagation communautaire et les valeurs Ct provient d’une étude à long terme sur l’infectiosité à l’Université de Tulane publiée cet automne . Tulane a mis en place un vaste appareil de surveillance COVID qui leur permet de diagnostiquer rapidement les cas chez les étudiants de premier cycle via PCR et d’estimer l’infectiosité avec un système de recherche des contacts.

L’étude visait, en partie, à étudier si les cas de COVID avec des valeurs de Ct supérieures à un certain seuil pouvaient être libérés de la quarantaine. Alors que les personnes ayant de fortes valeurs de Ct avaient tendance à infecter plus de personnes en moyenne, les traceurs de contact ont constaté que même les personnes ayant des valeurs relativement faibles finissaient toujours par propager COVID.

“Le problème n’est pas que ceux qui ont [de faibles valeurs] sont plus contagieux”, explique Xiao Ming Yin, pathologiste moléculaire à la faculté de médecine de Tulane et auteur principal de l’étude. « Ce n’est pas le problème. C’est que ceux qui ont les valeurs [élevées] sont également contagieux. »

Lorsqu’on lui a demandé comment l’infectiosité de ces cas pourrait s’appliquer aux cas révolutionnaires avec des valeurs de Ct faibles, Yin a répondu : « C’est une question difficile. Nous ne savons pas. Mais, souligne-t-il, la conclusion de l’étude de son équipe est que le virus a tendance à être plus infectieux que les résultats de laboratoire ne le suggèrent.

En mettant l’accent sur les valeurs de laboratoire, il est facile de passer à côté de la situation dans son ensemble : le fait qu’une personne infecte ou non les autres dépend de plus que la quantité de virus présente dans son nez. Le plus grand super-épandeur a peut-être été celui qui est allé dans les bars sans masque, tandis que quelqu’un qui est resté à la maison avec une charge virale massive serait une impasse épidémiologique.

Et malgré le coup du lapin de cet été, les conseils du CDC se sont largement solidifiés sur la façon d’atténuer ces risques si vous êtes vacciné : portez un masque à l’intérieur, surtout s’il y a une augmentation du delta dans votre région ; si vous êtes exposé à une personne séropositive, faites un test quelques jours plus tard et portez un masque en attendant.

“L’idée qu’il y avait cette solution magique”, explique Butler-Wu. « Ne vous méprenez pas, la vaccination est l’outil le plus important dont nous disposons pour mettre fin à cela, mais elle ne peut pas le faire seule. Il a besoin d’aide.

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